El Colegio tiene tres símbolos: LA BANDERA, EL ESCUDO Y EL HIMNO.

LA BANDERA: Consta de tres franjas; blanca, verde y amarilla. El blanco simboliza la pureza. El verde la esperanza en las juventudes que aquí se forman. El amarillo, que fue añadido últimamente, significa la madurez y la riqueza del saber.

EL ESCUDO: Está compuesto de las siguientes partes: de fondo se encuentran los colores de la antigua bandera; blanco y verde. Sobre la bandera está colocado un libro abierto con la leyenda "DUC IN ALTUM". "A TRAVÉS DE LAS ALTURAS" "HACIA LAS ALTURAS". "HACIA LAS PROFUNDIDADES".

Por medio del saber se llega a las alturas. Junto al libro se encuentra una antorcha: LUZ QUE ILUMINA LOS ENTENDIMIENTOS. Rodean al libro dos ramas de laurel entrecruzadas por la base y significando la V de la VICTORIA. Tiene las leyendas que dan el nombre y el lugar: COLEGIO NACIONAL "SAN LUIS GONZAGA" Chinácota.

Este escudo fue escogido mediante concurso en el año de 1963 y fue diseñado por el licenciado Luis Alirio Zúñiga Castañeda.

Coro:

Viva el estudio
que es el amigo
de los que empiezan
pronto a luchar.
No hay en el mundo
labor más grande
pues ella enseña la eternidad

1ª
Nuestro colegio
tiene una historia
llena de gloria
de fe sin par;
nuestros maestros
nos dan la lumbre
que hacia otra cumbre
nos llevará;
y son los libros
en nuestros claustros
rayos de un astro
de libertad.

2ª

Pueblo que estudia
pueblo que vence
fe que convence
lampo de sol.
La patria es madre
del que la quiere
quien la ama muere
por darle honor;
y en este mundo
no triunfa el hombre
si no hay un nombre
Patria, hogar, Dios.

3ª

Vamos muchachos
vuestra es la vida
senda florida
la juventud.
La niñez canta,
el canto vuela
colegio, escuela
vuestra es la luz.
Y el alma grande
funda un emblema
sobre este lema:
"Ciencia y Virtud".