1. Presbítero Luis María Figueroa. Fundador (Enero 1906 - diciembre de 1907). (Fuente: Monografía histórico-geográfica del Municipio y Parroquia de Chinácota 1533 a 1922 y La Unidad Católica No. 447, del 15 de noviembre de 1906).

2. Francisco de Paula Colmenares (El decreto No. 25, del 16 de enero de 1908, de la Gobernación del Departamento de Santander, que creó la Escuela Superior, designó como director a Francisco de Paula Colmenares y a Ulises Cote, como subdirector. (Fuente: "La Escuela Primaria". Nos. 1078 y 79, mayo y junio de 1908. Tomo 1908, página 640. Archivo Histórico UIS, Bucaramanga).

3. Presbítero Luis María Figueroa. (Enero - abril 30 de 1909. El padre Figueroa ocupó, por segunda vez, la rectoría, a partir del mes de enero de 1909).

4. Presbítero Avelino Cote (Mayo - septiembre. El Núcleo informó en su edición No. 62, del 2 de mayo de 1909, que el presbítero Avelino Cote reemplazó al padre Figueroa en el curato y la dirección del Colegio San Luis Gonzaga. El padre Figueroa partió para Europa el 30 de abril del mismo año. En su edición No. 74, del 10 de octubre, el mismo periódico informa sobre el traslado del padre Cote a Bochalema y de la llegada del presbítero Antonio M. Andrade, quien lo reemplazó en la parroquia).

5. Daniel Villarreal. 1910 y 1911. *

6. Presbítero Luis Francisco Villamizar. *

7. Luis Landazábal T. 1913, 1914, 1915 y 1916. *

8. Luis A. Guerrero. Hasta el 1º de julio de 1917. *

9. Víctor Manuel Prato. Desde el el 1º de julio de 1917. *

10. Luis Alberto Cote Ordóñez. 1918. *

11. Teodoro Gutiérrez Calderón. 1919. Del notable poeta se ha dicho que no fue rector del Colegio. Sin embargo, así está registrado en la obra Nombres y Voces del doctor José Luis Villamizar, publicada por la Imprenta Departamental en 1966. La biografía de Gutiérrez Calderón trae una relación de importantes posiciones ocupadas por él, entre ellas, las de Inspector Departamental de Educación Pública e Inspector Nacional del Trabajo. Agrega: "Y ya sobre las pautas de su mayor devoción, desempeñó cargos en la docencia como el de Rector del Colegio San Luis Gonzaga de Chinácota, Director de Gremios Unidos, profesor de varios establecimiento y en la actualidad dicta la cátedra de historia y de la música en el Conservatorio". En la obra "Hechos y personajes de Norte de Santander en el siglo xx", publicada por el diario La Opinión, se dice que fue rector del Colegio San Luis Gonzaga en 1919.

13. Luis Alberto Cote Ordóñez. 1921 1922. *

14. Presbítero Luis María Figueroa (En octubre de 1922, el presbítero Luis María Figueroa ocupó nuevamente la rectoría de la institución, cuando fue designado por el gobierno departamental para reemplazar a don Luis Alberto Cote Ordóñez. Fuente: El Heraldito Católico No. 76, del 15 de octubre de 1922).

15. Epímaco Antonio Cabarico. Desde febrero 26 de 1923 hasta el 12 de julio de 1927. *
16. José A. Cañas. 1927. *
17. Eleuterio Franco Ferreira. 1928 y 1929. *
18. Nicodemus Rangel Acevedo. 1930, 1931, 1932 y 1933.
19. José I. Campos. 1934. *
20. Demetrio Oliveros Caicedo. 1934. *
21. Alejandro Gutiérrez Calderón. 1935.
22. Luis A. Cote. 1936. (Libros del Colegio).
23. Marco Aurelio Sosa. 1937. (Archivos del Colegio).
24. Roberto Ramírez Cardozo. 1938. *
25. Carlos E. Ibarra. 1939. *
26. Luis Fernando Velandia M. 1940. *
27. Julio Pérez Márquez. 1940. *
28. Moisés Bautista. 1940 y 1941. *
29. Eduardo A. Contreras D. 1942. *
30. Luis Fernando Velandia. 1942, 1943, 1944, 1945 y 1946. (Libros del Colegio).
31. José Aquilino Durán. 1947.*
32. Luis Andrés Palacios. 1948 y 1949. (Libros del Colegio).
33. José Cocepción Miranda. 1950. *
34. Emeterio Nieto. 1951 y 1952. *
35. Eduardo Malagón. 1953. *
36. Alberto Torrado Sánchez. 1954. (Libros del Colegio).
37. Julio Zambrano. 1955. (Libros del Colegio).
38. Gustavo A. Torres. 1956. (Libros del Colegio).
39. Alfredo Núñez V. 1957 y 1958. (Libros del Colegio).
40. Alirio Sarria Diago. 1959. (Libros del Colegio).
41. Alejandro Jáuregui Jáuregui. 1959, 1960 y 1961. (Libros del Colegio).
42. Alfonso García Gómez. Encargado en 1961. (Libros del Colegio).
43. Arquímedes Garzón Castro. 1961. Encargado.
44. Evaristo Jaimes Vega, fue rector durante los años 1962, 1963, 1964, 1965, 1966 y 1967. (Encargos en 1960 y 1961. Libros del Colegio).
45. Alfonso García Gómez, rector en 1968. (Libros del Colegio).
46. Jacinto Castro y Carlos Meneses, 1969. (Libros del Colegio).
47. Arturo Vieira Moreno: 1970, 1971 y 1972. (Libros y archivos del Colegio).
48. Alfredo Lamus: 1972. (Libros y archivos del Colegio).
49. Jorge Ríos Rubiano. 1973. (Libros y archivos del Colegio).

Encargados de la Rectoría:

Pedro María Gómez Durán. 2. Luis Alirio Zúñiga Castañeda. 3. Luis Alfonso Ovalle Pardo. 4. Ricardo Martínez. 5. Nelly Valdivieso de Hernández. 6. David Octavio Gamboa Orozco. 7. Jorge Humberto Serna Páez. 8. Nohora Leal Acevedo. 9. Sofía Conde Caicedo.

Fuentes y aclaraciones de la lista de rectores:

Nota:

1. La información fue tomada de los libros de mátrículas del Colegio, con la valiosa ayuda del licenciado Reinaldo Pábón Jáuregui.
2. Los nombres de los rectores, marcados con asterisco, fueron tomados de la obra "Resumen Histórico Colegio san Luis Gonzaga", de don Manuel W. Carrero.